在设置好AERMOD所需的参数，并设置相应的预测方案后，就可以运行软件进计算。软件运行过程分为三个过程：气象预处理、地形预处理、污染物扩散计算。用户可以单独运行其中一个程序，也可以一次运行全部的程序。

将软件的加密锁与电脑连接，在软件的菜单栏点击“执行”，然后在下级菜单中点击运行的处理程序，既可单独以运行某个程序。一般情况下，选择要计算的预测方案，点击工具栏的运行按钮 ，一次性运行全部的处理程序。在弹出的对话框中，点击“运行按钮”，等待计算完成。