在设置好预测方案后，选中需要计算的预测方案，即可运行相应的预测方案了。用户可以分步运行，也可以全部运行。

1、全部运行：点击菜单“执行->运行所有处理程序”或工具栏上的“ ”按钮，软件将按顺序运行AERMET、AERMAP和AERMOD。

2、分步运行：如果用户需要分步运行AERMET、AERMAP和AERMOD，可以点击菜单“执行”下的如下菜单：

运行气象预处理程序（AERMET）：软件将根据用户导入的地面和高空气象数据来执行AERMET程序，从而生成AERMOD所需的地面气象数据（*.SFC）和高空廓线气象数据（*.PFL）。

运行地形预处理程序（AERMAP）：软件将根据设置的污染源、网格、离散点等信息和地形文件，运行AERMAP程序，从而得到污染源、网格、离散点等的地面高程、高度尺度等信息。

运行污染计算程序（AERMOD）：软件将根据用户提供的经AERMET预处理后得到的地面气象数据（*.SFC）和高空廓线气象数据（*.PFL）及用户设置好的AERMOD模型参数运行AERMOD程序，从而得到最终的预测结果。